Conformément à la loi du 5 mars 2007, l’EPRUS a pour mission d’acquérir, fabriquer, importer, distribuer et exporter les produits et services nécessaires à la protection de la population face aux menaces sanitaires graves. L’EPRUS agit sur demande du ministre de la santé, pour lequel il exerce les fonctions d’opérateur logistique et de gestionnaire des stocks de produits de santé acquis par l’établissement ou confiés par l’Etat.

La loi impose pour toute action concernant des médicaments, produits et objets pharmaceutiques, la création au sein de l’EPRUS d’un établissement pharmaceutique.

Celui-ci dénommé « Etablissement pour la protection de la population face aux menaces sanitaires graves » est chargé des opérations d’achat, de fabrication, d’importation, d’exportation, d’exploitation, de stockage et de distribution des produits prévus   par les plans nationaux de réponse aux menaces sanitaires graves. Cet établissement peut sous-traiter tout ou partie de ces activités.